一种微囊藻毒素MC‑LR的批量纯化方法,旨在克服现有技术中从自然水体中得到的微囊藻样品复杂度高、杂质干扰大,得到的藻毒素含量低,且样品重复性差导致藻毒素制备工艺需不断调整的缺点,该方法是从铜绿微囊藻中提取并纯化得到微囊藻毒素MC‑LR,包括以下步骤:一、铜绿微囊藻的实验室培养;二、微囊藻毒素MC‑LR的粗提取;三、采用MCI GEL CHP20P为填料的色谱柱去除粗提液中的杂质,得到初步纯化的微囊藻毒素;四、通过制备型HPLC对初步纯化的微囊藻毒素进一步纯化,得到色谱纯度大于95%的微囊藻毒素MC‑LR。本发明得到的微囊藻毒素纯度较高,且能够实现批量制备,为后续藻毒素的各项研究奠定了物质基础。