本发明公开了一种建兰花叶病毒株系,其全长基因组序列如SEQ ID NO:1‑10所示,其5'端亚基因组序列如SEQ ID NO:11‑21所示。本发明还公开了一种用于上述全长基因组序列和/或5'端亚基因组的体外转录载体、一种用于扩增上述全长基因组序列和/或5'端亚基因组的引物组合物及扩增方法、一种采用上述体外转录载体制备建兰花叶病毒的方法。本发明考虑自然状态下病毒株系准种的存在,通过本发明的方法获得了一种建兰花叶病毒株系的全长基因组序列及建兰花叶病毒株系的5'端亚基因组序列,其构建的载体制备的体外转录物具有侵染活性,这不仅增加了建兰花叶病毒基因组序列的丰富度,也为进一步深入研究建兰花叶病毒的基因重组、基因组功能及致病分子机理奠定了基础。