本发明属于生物分子标记领域,具体说是一种海南风吹楠ISSR‑PCR分子标记方法及其专用引物。本发明海南风吹楠ISSR‑PCR分子标记专用引物为SED ID No.1~9中的任意一条。海南风吹楠ISSR‑PCR分子标记方法包括以下步骤:1)提取海南风吹楠基因组DNA;2)以步骤1)提取的基因组DNA为模板,SED ID No.1~9中的任意一条为引物,通过ISSR‑PCR扩增反应,获得海南风吹楠天然种群遗传信息本发明通过建立和优化的海南风吹楠ISSR‑PCR反应体系扩增出的条带清晰度高,稳定性强,多态性丰富的特点。