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[发明专利]一种个体差异表达蛋白质的识别方法-CN202111362073.1在审
发明人：俞容山;刘亚琛;童梦莎;林雅岚;吴雨娟;林育祥 -专利权人：厦门大学
申请日： 2021-11-17 - 公布日： 2022-03-22 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种个体差异表达蛋白质的识别方法，该方法包括以下步骤：S1、对蛋白质丰度数据进行预处理；S2、验证正常队列的蛋白质丰度数据中是否存在高度显著的蛋白质对；S3、选取个体层面差异表达算法中的参考组；S4、基于参考组采用个体层面差异表达算法识别差异表达蛋白质；该发明首先基于蛋白质丰度数据的特征，对蛋白质丰度数据进行预处理，去除变异系数高以及缺失值比例高的蛋白质，减少蛋白质定量误差对个体差异蛋白结果的影响；其次基于蛋白质稳定对选取参考组，并且利用迭代的方法，不断优化参考组中存在差异表达的蛋白质，保证了参考组的稳定性，可在个体水平上有效识别差异表达的蛋白质，识别精度高，应用前景好。
一种个体差异表达蛋白质识别方法

[发明专利]蛋白质组学数据分析方法、装置、电子设备及存储介质-CN202310744096.1在审
发明人：肖雯娟;徐盛强;刘显良 -专利权人：广州金墁利医药科技有限公司
申请日： 2023-06-20 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明涉及数据处理领域，揭露了一种蛋白质组学数据分析方法、装置、电子设备及存储介质，其中，所述方法包括：获取净检验样本的蛋白质芯片数据；对蛋白质芯片数据进行差异分析得到第一差异蛋白表达集合；根据预设的样本多变量因素对蛋白质芯片数据进行混合线性模型的差异蛋白识别得到第二差异蛋白表达集合，并与第一差异蛋白表达集合构成总差异蛋白表达集合；对总差异蛋白表达集合进行第一富集分析得到差异蛋白表达变化集合；对蛋白质芯片数据进行第二富集分析得到全蛋白表达变化集合；并与所述差异蛋白表达变化集合一起进行相关性分析得到多变量蛋白分析结果本发明主要目的在于增加蛋白质组学数据分析的全面性及准确性。
蛋白质数据分析方法装置电子设备存储介质

[发明专利]一种利用蛋白质芯片技术鉴定差异表达蛋白的新方法-CN200910045221.X有效
发明人：陈喆;吴剑丙 -专利权人：陈喆;吴剑丙
申请日： 2009-01-13 - 公布日： 2010-07-14 - 主分类号： G01N33/48 文献下载
摘要：本发明根据相关的文献和蛋白质芯片的原理，找到了一种可以直接利用蛋白质芯片找到的差异峰来进行目标蛋白质筛选的生物信息学方法，可以免除中间实验的繁琐步骤，直接针对目标蛋白质进行锁定，以便于进一步的实验验证。本发明主要包括如下流程：步骤1：将实验样本(病人的血清标本)进行蛋白质芯片的实验操作，每个样本都可以得到一系列蛋白质离子峰的数据。步骤2：根据实验设计的情况，对样本进行分组，得到不同组份样本间的差异蛋白峰。步骤3：对步骤二得到的差异蛋白峰进行蛋白质预测。依据蛋白质断裂的三种情况，我们综合3种方法来对差异蛋白峰进行蛋白预测。
一种利用蛋白质芯片技术鉴定差异表达蛋白新方法

[发明专利]利用蛋白质组学技术筛选强心苷药物作用靶位的方法-CN200510129839.6无效
发明人：高海青;邱洁;贾继辉;陈春燕;马亚兵 -专利权人：山东大学
申请日： 2005-12-05 - 公布日： 2006-06-28 - 主分类号： G01N35/00 文献下载
摘要：利用蛋白质组学技术筛选强心苷药物作用靶位的方法，属于医药技术领域。包括：心肌细胞培养及强心苷药物对心肌细胞作用模型的建立，制备心肌细胞二维电泳蛋白质样品，双向凝胶电泳，图像采集分析，获得强心苷药物作用于心肌细胞的差异表达蛋白质，差异蛋白质经胶内酶切后，运用质谱，测定差异蛋白肽质量指纹图谱；进入序列数据库，对差异蛋白质进行鉴别和分析，并推导出其DNA序列。对特征蛋白进行质谱分析，通过与质谱库比较，筛选出差异蛋白；验证差异表达蛋白的生物学功能。用蛋白质组学技术筛选强心苷药物抗心力衰竭的药物作用靶位，可直接用于指导研发新型高效低毒的抗心力衰竭药物。
利用蛋白质技术筛选强心药物作用方法

[发明专利]一种检测差异表达蛋白质的方法-CN201310397694.2有效
发明人：刘超;宋春青;迟浩;孙瑞祥;董梦秋;贺思敏 -专利权人：中国科学院计算技术研究所
申请日： 2013-09-04 - 公布日： 2014-05-07 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明涉及一种检测差异表达蛋白质的方法，面向定量蛋白质组学中的基于一级谱图信息的标记和非标记的相对定量数据分析，包括肽谱匹配、可信度评价、肽段信号提取、肽段比值计算、蛋白质比值计算、统计学分析，根据某蛋白质在两种或多种样品中对应的质谱信号强度比值判断其是否是差异表达蛋白质对于近百GB的规模的质谱实验采集的数据，快速地自动化分析，对不同蛋白质在质谱仪中的信号尽可能精准地提取蛋白质信号；从统计学意义上确定蛋白质差异表达，并对结果的准确性进行评价。
一种检测差异表达蛋白质方法

[发明专利]一种基于iTRAQ标记测定烟碱诱导细胞差异表达蛋白质的方法-CN201710116236.5有效
发明人：胡清源;朱贝贝;侯宏卫;陈欢;李翔宇;王红娟;付亚宁;陈建 -专利权人：国家烟草质量监督检验中心
申请日： 2017-03-01 - 公布日： 2019-12-27 - 主分类号： G01N30/02 文献下载
摘要：本发明为一种基于iTRAQ标记测定烟碱诱导细胞差异表达蛋白质的方法，提供一种烟碱暴露神经细胞差异蛋白质组的分析方法。具体而言，神经细胞经含有烟碱的培养基培养后，经蛋白质的抽提，蛋白浓度、样品质量及平行性的测定，酶解，iTRAQ标记和nano‑LC‑Q‑TOF分析鉴定后，进行搜库分析。本发明的方法定量分析了1mmol/L烟碱暴露1h SHSY‑5Y蛋白质的差异表达，其中参与MAPK级联生物过程和蛋白酶体信号通路的蛋白酶体蛋白，可能在烟碱成瘾中发挥重要作用，从而达到了解烟碱诱导神经细胞的差异表达蛋白质及差异蛋白质参与的生物过程的目的
一种基于 itraq 标记测定烟碱诱导细胞差异表达蛋白质方法

[发明专利]一种异常黏液质型阳痿病证哺乳动物血清和阴茎平滑肌组织差异蛋白体系及筛选方法与应用-CN201611167384.1有效
发明人：阿地力江·伊明;马文静;斯依提·阿木提 -专利权人：新疆医科大学
申请日： 2016-12-16 - 公布日： 2018-08-14 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明提供了维医异常黏液质型阳痿病证的哺乳动物血清差异蛋白和阴茎平滑肌组织差异蛋白体系，以及上述差异蛋白体系的筛选方法，包括1)正常对照组、造模证侯组与病证组；2)采集全血，分离血清与阴茎平滑肌组织；3)提取蛋白质；4)标记后纯化；5)质谱检测后得到指纹图谱，筛选后进行蛋白质组学分析，获得所述证候组、病证组和正常对照组血清蛋白质和阴茎平滑肌组织蛋白质；6)统计、比较、筛选得到维医异常黏液质型阳痿病证血清差异蛋白质和阴茎平滑肌组织差异蛋白质
阴茎平滑肌差异蛋白阳痿筛选蛋白质哺乳动物血清维医勃起功能障碍差异蛋白质蛋白质组学血清蛋白质分离血清机制研究血清差异药物筛选指纹图谱质谱检测全血采集防治应用转化分析统计研究

[发明专利]心肌细胞蛋白质差异表达图谱的构建与应用-CN200810120086.6无效
发明人：朱丹雁;楼宜嘉;李欢;张翔南;周立民;梁星光 -专利权人：浙江大学
申请日： 2008-07-18 - 公布日： 2008-12-24 - 主分类号： G01N27/64 文献下载
摘要：本发明提供药物诱导干细胞定向分化时蛋白质差异表达图谱的构建方法，具体构建了ICA诱导干细胞定向分化为心肌细胞的蛋白质差异表达图谱，通过建立药物诱导干细胞定向分化为心肌细胞模型，制备二维电泳蛋白质样品，双向凝胶电泳，图像采集分析，明确差异蛋白。运用比较蛋白质图谱筛选鉴定出ICA诱导ES细胞定向分化为心肌细胞的差异表达蛋白，利用差异表达蛋白作为药物作用靶位，在制备高效低毒新型促进干细胞分化诱导剂中的应用。
心肌细胞蛋白质差异表达图谱构建应用

[发明专利]整合多组学数据推测细胞转分化中关键蛋白质激酶的方法-CN201811561138.3在审
发明人：薛宇;黄鹏羽;林少峰;袁阳阳 -专利权人：华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学
申请日： 2018-12-19 - 公布日： 2019-03-29 - 主分类号： C12N9/12 文献下载
摘要：本发明公开了整合多组学数据推测细胞转分化中关键蛋白质激酶的方法，包括以下步骤：准备整个细胞转分化过程中的细胞样本，将其分成转录组和蛋白质磷酸化组，并分别通过组学检测获得每组相应的原始数据；对原始数据进行预处理，通过转录组筛选表达显著差异的蛋白质激酶，通过蛋白质磷酸化组筛选活性显著差异以及调控显著差异的蛋白质激酶；整合所有存在显著差异的蛋白质激酶，综合衡量，得出关键蛋白质激酶。
显著差异激酶蛋白质激酶关键蛋白质整合组学分化细胞蛋白质磷酸化机制研究数据推测原始数据转录组筛选预处理分化过程细胞分化细胞样本整个细胞研发成功率衡量研究调控检测

[发明专利]基于DIA技术挖掘性成熟前后藏绵羊睾丸差异蛋白质的方法-CN201910665529.8有效
发明人：李讨讨;马友记;王霞;张宏豫 -专利权人：甘肃农业大学
申请日： 2019-07-23 - 公布日： 2022-04-01 - 主分类号： G01N30/06 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于DIA技术挖掘性成熟前后藏绵羊睾丸差异蛋白质的方法，包括以下步骤：组织收集、蛋白样本制备、建立谱图数据库、蛋白质定性定量分析和差异表达蛋白质筛选。本发明选取3月龄和1岁龄藏绵羊睾丸组织，运用常规DDA质谱检测技术分析并建立图谱数据库，随后采用DIA方法进行质谱数据采集，并对样品中的蛋白质进行定性定量分析，从而获得藏绵羊睾丸中的差异表达蛋白质。利用该方法可实现对藏绵羊睾丸差异表达蛋白的定量筛选，这对于后续从蛋白质组学角度研究在高海拔条件下藏绵羊睾丸发育或精子发生的分子机制提供了十分重要的理论基础。
基于 dia 技术挖掘性成熟前后绵羊睾丸差异蛋白质方法

[发明专利]对在人类血清中指示人类肺组织的病理学状态的蛋白质的鉴定-CN201410482100.2在审
发明人： R·T·斯特里佩;E·伊兹比卡;S·H·贝克 -专利权人：癌症预防和治疗有限公司
申请日： 2008-09-11 - 公布日： 2015-01-21 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：鉴定在人类血清中存在的蛋白质的方法，所述蛋白质在正常个体和按照医生诊断已知患有非小细胞肺癌和哮喘的患者之间差异地表达。将来自各个群体的人类血清试样用胰蛋白酶或任何其它合适的内切蛋白酶消化，并且使用液相色谱电喷雾离子化质谱仪进行分析。比较来自各个群体的质谱数据以确定具有在正常、哮喘和肺癌群体之间显著差异地表达的表达强度的蛋白质。发现11种蛋白质具有在所述群体之间显著差异地表达的表达强度。最后，通过将所述质谱数据与具有已知蛋白质的质谱数据文库的已知数据库比较，获得11种蛋白质的特征。
人类血清指示组织病理学状态蛋白质鉴定

[发明专利]对在人类血清中指示人类肺组织的病理学状态的蛋白质的鉴定-CN200880113342.7无效
发明人： R·T·斯特里佩;E·伊兹比卡;S·H·贝克 -专利权人：癌症预防和治疗有限公司
申请日： 2008-09-11 - 公布日： 2010-09-15 - 主分类号： G01N27/00 文献下载
摘要：鉴定在人类血清中存在的蛋白质的方法，所述蛋白质在正常个体和按照医生诊断已知患有非小细胞肺癌和哮喘的患者之间差异地表达。将来自各个群体的人类血清试样用胰蛋白酶或任何其它合适的内切蛋白酶消化，并且使用液相色谱电喷雾离子化质谱仪进行分析。比较来自各个群体的质谱数据以确定具有在正常、哮喘和肺癌群体之间显著差异地表达的表达强度的蛋白质。发现11种蛋白质具有在所述群体之间显著差异地表达的表达强度。最后，通过将所述质谱数据与具有已知蛋白质的质谱数据文库的已知数据库比较，获得11种蛋白质的特征。
人类血清指示组织病理学状态蛋白质鉴定

[发明专利]一种糖尿病肾病血清标本中差异表达的蛋白质谱检测方法-CN202010868895.6在审
发明人：贺理宇;陈愔音 -专利权人：中南大学湘雅二医院;湖南省人民医院
申请日： 2020-08-25 - 公布日： 2020-12-15 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明属于疾病检测技术领域，公开了一种糖尿病肾病血清标本中差异表达的蛋白质谱检测方法，所述糖尿病肾病血清标本中差异表达的蛋白质谱检测方法包括建立和优化表面加强激光解吸电离飞行时间质谱技术模型；进行糖尿病肾病晨尿上清液、血清、肾脏皮质标本中蛋白质指纹图谱的确定以及诊断模型的建立；依据建立的蛋白质指纹图谱以及诊断模型进行糖尿病肾病血清标本中差异表达的蛋白质谱检测。本发明结合糖尿病肾病进行晨尿上清液、血清以及肾脏皮质标本中蛋白的测定以及模型建立，以该三者为检测对象，检测标本中的蛋白质的差异表达的组合结果，获得的模型可以为糖尿病肾病的诊断及病理机制提供参考信息。
一种糖尿病肾病血清标本差异表达蛋白质检测方法

[发明专利]一种蛋白质功能注释方法及系统-CN201811480806.X有效
发明人：杨兵;严俊;韩继臣;沈娇娇 -专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2018-12-05 - 公布日： 2022-10-21 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明涉及生物信息领域，特别是涉及一种蛋白质功能注释方法及系统。本发明的蛋白质功能注释方法包括下列步骤：蛋白质注释：结合序列比对与ID匹配，完成GO功能注释及KEGG通路注释；蛋白质表达差异注释；富集以及注释结果整理与输出。本发明的蛋白质功能注释方法，特别适用于对蛋白质谱搜库结果进行蛋白质功能注释。
一种蛋白质功能注释方法系统

[发明专利]一种寡核苷酸文库修饰的颗粒及其制备和应用-CN201310557895.4有效
发明人：张丽华;邓楠;梁振;朱贵杰;杨开广;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2013-11-08 - 公布日： 2015-05-20 - 主分类号： G01N30/89 文献下载
摘要：本发明涉及一种寡核苷酸文库作为配基的材料，及其在蛋白质样品预处理方面的应用。该材料用于蛋白质样品预处理能够有效降低样品中高丰度蛋白质的丰度，减小高丰度蛋白质与低丰度蛋白质之间的丰度差异。相比于传统的蛋白质样品预处理方法，具有方便易行、成本低廉等特点。
一种寡核苷酸文库修饰颗粒及其制备应用

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