本发明公开了一种鉴定水稻东野/D1型细胞质源的分子标记及其应用，涉及植物生物技术领域。本发明提供的分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明还提供了鉴定该分子标记的引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示，通过该引物对水稻的基因组DNA进行PCR扩增检测，当可以扩增得到如SEQ ID NO.4所示的序列时，表明该水稻含有东野/D1型细胞质源；当不能扩增出该序列时，表明该水稻不含东野/D1型细胞质源。本发明提供的分子标记和引物可用于东野/D1型细胞质源的鉴定，还用于辅助鉴定水稻东野/D1型不育系种子纯度及其杂交种真伪等，具有显著的应用价值。
本发明公开了一种鉴定水稻东野型细胞质雄性不育源的分子标记方法，所述的分子标记引物为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，所说的方法为：提取水稻材料的总DNA；以提取的总DNA为模板，用上述述引物进行PCR扩增；电泳检测扩增产物，如果出现92bp的条带，表示该水稻材料含东野型细胞质雄性不育源；如果出现102bp的条带或除92bp以外的其它条带，则表示该水稻材料不含东野型细胞质雄性不育源。本发明引物可简便、快速、准确地鉴别东野型细胞质雄性不育源，实验重复性好，结果可靠。
