[发明专利]一种基于MPI的基因序列精确匹配的方法在审
| 申请号： | 202110454140.6 | 申请日： | 2021-04-26 |
| 公开（公告）号： | CN113241121A | 公开（公告）日： | 2021-08-10 |
| 发明（设计）人： | 卢卫华;侯梦瑜 | 申请（专利权）人： | 哈尔滨理工大学 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10;G16B50/30;G06F9/50;G06F9/52 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 150080 黑龙*** | 国省代码： | 黑龙江;23 |
| 权利要求书： | 暂无信息 | 说明书： | 暂无信息 |
| 摘要： | 本发明涉及一种基于MPI的基因序列精确匹配的方法，属于串匹配算法和MPI并行计算基数领域，本发明旨在快速匹配基因序列中的特定序列片段。针对此问题，本文提出了主进程使用N‑gram分割重叠预处理文本，再使用压缩替换技术压缩文本，并且构建多模式串匹配WM算法需要的三个表SHIFT表，HASH表和PREFIX表。最后将处理后的文本分发给子进程，进行WM并行串匹配。快速得到匹配结果，主进程再进行匹配结果汇总，该发明能极大程度的提高了匹配速度，为大数据下的基因序列分析做好基础准备工作。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 mpi 基因 序列 精确 匹配 方法 | ||
【主权项】：
暂无信息
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