[发明专利]基于局部进化信息的DNA结合蛋白预测方法有效
申请号: | 202011389444.0 | 申请日: | 2020-12-01 |
公开(公告)号: | CN112489723B | 公开(公告)日: | 2022-09-06 |
发明(设计)人: | 於东军;韩阳 | 申请(专利权)人: | 南京理工大学 |
主分类号: | G16B20/00 | 分类号: | G16B20/00;G16B30/00 |
代理公司: | 南京理工大学专利中心 32203 | 代理人: | 岑丹 |
地址: | 210094 江*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | 本发明公开了一种基于局部进化信息的DNA结合蛋白预测方法,具体步骤为:提取蛋白质的进化信息,将进化信息分割成局部进化信息,得到用于预测的特征向量;使用SVM‑RFE+CBR特征提取方法,将特征向量依据其对模型的贡献度进行排序,去除无关特征;采用5折交叉验证方法将去除无关特征的特征向量分为5份,4份作为训练集输入SVM模型对其进行训练;对蛋白质处理后将其特征向量输入SVM模型,获得预测结果。本发明将多种蛋白质序列的特征相组合,结合蛋白质的局部进化信息与原进化信息和氨基酸组成、二肽信息,充分包含了蛋白质的局部与整体信息,提高了DNA结合蛋白预测的计算模型的精度。 | ||
搜索关键词: | 基于 局部 进化 信息 dna 结合 蛋白 预测 方法 | ||
【主权项】:
暂无信息
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