[发明专利]基于局部进化信息的DNA结合蛋白预测方法有效

专利信息
申请号: 202011389444.0 申请日: 2020-12-01
公开(公告)号: CN112489723B 公开(公告)日: 2022-09-06
发明(设计)人: 於东军;韩阳 申请(专利权)人: 南京理工大学
主分类号: G16B20/00 分类号: G16B20/00;G16B30/00
代理公司: 南京理工大学专利中心 32203 代理人: 岑丹
地址: 210094 江*** 国省代码: 江苏;32
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摘要: 发明公开了一种基于局部进化信息的DNA结合蛋白预测方法,具体步骤为:提取蛋白质的进化信息,将进化信息分割成局部进化信息,得到用于预测的特征向量;使用SVM‑RFE+CBR特征提取方法,将特征向量依据其对模型的贡献度进行排序,去除无关特征;采用5折交叉验证方法将去除无关特征的特征向量分为5份,4份作为训练集输入SVM模型对其进行训练;对蛋白质处理后将其特征向量输入SVM模型,获得预测结果。本发明将多种蛋白质序列的特征相组合,结合蛋白质的局部进化信息与原进化信息和氨基酸组成、二肽信息,充分包含了蛋白质的局部与整体信息,提高了DNA结合蛋白预测的计算模型的精度。
搜索关键词: 基于 局部 进化 信息 dna 结合 蛋白 预测 方法
【主权项】:
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