[发明专利]塞来昔布抑制血管新生靶点的筛选方法

摘要

本发明属于治疗肿瘤疾病领域，具体涉及塞来昔布抑制血管新生靶点的筛选方法。本发明通过选取血管形成聚合酶链式反应芯片上的84个基因表达的蛋白作为潜在受体蛋白数据库，使用PDB数据库和UniProt数据库筛选54个受体蛋白结构，使用MGLTools处理受体蛋白结构，构建分子对接盒子后使用Autodock_vina作为分子对接工具计算塞来昔布与每个蛋白质受体的结合位点自由能，选取结合位点自由能小于‑9.0kcal/mol的蛋白质受体作为潜在靶点。

主权项

1.一种塞来昔布抑制血管新生靶点的筛选方法，其特征在于：(1)确定受体蛋白数据库选取血管形成聚合酶链式反应芯片上包括ANG、ANGPT1、ANGPT2、ANPEP、TYMP、FGF1、FGF2(bFGF)、FIGF(VEGFD)、FLT1、JAG1、KDR、NRP1、NRP2、PGF、VEGFA、VEGFB、VEGFC、BAI1、COL4A3、IL8、ANGPTL4、F3、PECAM1、PF4、PROK2、SERPINE1(PAI‑1)、SERPINF1、HIF1A、NOS3、SPHK1、CCL11(Eotaxin)、CCL2(MCP‑1)、CXCL1、CXCL10(INP10)、CXCL5(ENA78/LIX)、CXCL6(GCP‑2)CXCL9(MIG)、EDN1、IFNA1、IFNG、IL1B、IL6、MDK、TNF、CTGF、EFNA1、EFNB2、EGF、EPHB4、FGFR3、HGF、IGF1、ITGB3、PDGFA、S1PR1、TEK(TIE2)、TGFA、TGFB1、TGFB2、TGFBR1、CDH5、COL18A1、ENG(EVI‑1)、ERBB2(HER2)、FN1、ITGAV、ITGB3、THBS1、THBS2、LECT1、LEP、MMP14、MMP2、MMP9、PLAU(uPA)、PLG、TIMP1、TIMP2、TIMP3、AKT1、PTGS1、PTGS2、MMP1、MMP3在内的84个基因表达的蛋白作为潜在受体蛋白数据库。(2)受体蛋白结构筛选根据上述84个蛋白名称，在PDB数据库逐条检索其3D结构，筛除没有实验晶体结构数据或NMR结构分辨率低的蛋白以及只有复合物结构且其中小分子结构也未知的蛋白，并结合UniProt数据库进行筛选。(3)受体蛋白结构预处理使用MGLTools处理受体蛋白结构，增加极性氢原子，去掉非极性氢原子，保存为.pdbqt结构。在PubChem数据库中下载塞来昔布的结构数据，使用MGLTools处理为.pdbqt格式。(4)确定分子对接盒子以整个蛋白质结构的中心为中心设置对接盒子，使得该盒子包含整个蛋白质分子，所有蛋白的对接盒子Spacing距离设为该距离与默认值的对接结果无显著差异。(5)对接计算使用Autodock_vina作为分子对接工具，分别计算塞来昔布与每个蛋白质受体的结合位点自由能，选取每个蛋白质受体自由能最低的结合位点，进行排序。(6)靶点选择根据排序，选取结合位点自由能小于‑9.0kcal/mol的蛋白质受体作为靶点。