[发明专利]一种疾病关联基因组合的统计方法及系统在审
申请号: | 201810134414.1 | 申请日: | 2018-02-09 |
公开(公告)号: | CN108256293A | 公开(公告)日: | 2018-07-06 |
发明(设计)人: | 赵毅;张阳 | 申请(专利权)人: | 哈尔滨工业大学深圳研究生院 |
主分类号: | G06F19/18 | 分类号: | G06F19/18;G06F19/24;G16H50/30 |
代理公司: | 北京高沃律师事务所 11569 | 代理人: | 王戈 |
地址: | 518000 广东省*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | 本发明公开一种疾病关联基因组合的统计方法及系统。该统计方法包括:采用全基因组关联分析方法计算基因序列中的每个单核苷酸多态性位点的显著性,显著性表示单核苷酸多态性位点与疾病的关联程度,获得单核苷酸多态性位点显著性;根据核苷酸显著性和阈值,筛选出与疾病关联的单核苷酸多态性位点,获得关联单核苷酸多态性位点;采用基于极端梯度的Boosting的集成学习算法对关联单核苷酸多态性位点对应的人分为患病和不患病两类,获得关联基因组合。本发明通过全基因组关联分析方法与基于梯度的Boosting的集成学习算法相结合的方法对关联单核苷酸多态性位点对应的人分为患病和不患病两类,获得关联基因组合,提高了疾病关联基因组合获取结果的准确性。 | ||
搜索关键词: | 单核苷酸多态性位点 关联 基因组合 显著性 疾病 集成学习算法 关联分析 全基因组 统计 计算基因 核苷酸 筛选 | ||
【主权项】:
1.一种疾病关联基因组合的统计方法,其特征在于,所述统计方法包括:采用全基因组关联分析方法计算基因序列中的每个单核苷酸多态性位点的显著性,获得单核苷酸多态性位点显著性,所述显著性表示单核苷酸多态性位点与疾病的关联程度;根据所述核苷酸显著性和阈值,筛选出与疾病关联的单核苷酸多态性位点,获得关联单核苷酸多态性位点;采用基于极端梯度的Boosting的集成学习算法对所述关联单核苷酸多态性位点对应的人分为患病和不患病两类,获得关联基因组合。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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