[发明专利]一种基于LINE1转座子与微卫星引物相结合的猪基因组分子标记的挖掘方法有效
| 申请号： | 201810068583.X | 申请日： | 2018-01-24 |
| 公开（公告）号： | CN108179198B | 公开（公告）日： | 2020-02-07 |
| 发明（设计）人： | 宋成义;王伟;陈才;张丽;沈丹;王赛赛;王宵燕;高波 | 申请（专利权）人： | 扬州大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6888 | 分类号： | C12Q1/6888;C12Q1/6858 |
| 代理公司： | 32207 南京知识律师事务所 | 代理人： | 卢亚丽 |
| 地址： | 225009 *** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种基于LINE1转座子与微卫星引物相结合的猪基因组分子标记挖掘方法。该方法是利用LINE1的5’端核苷酸序列或3’端核苷酸序列设计特异性引物；同时根据生物信息学分析获得的猪的基因组中分布较广泛的微卫星序列设计微卫星引物；两种引物结合，以不同品种猪的基因组为模板扩增；筛选比较清晰、多态性高，重复性好的扩增条带，克隆测序；将测序结果比对分析，设计旁侧特异性引物与反转录转座子LINE1特异性引物组合，再利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增多个品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。 | ||
| 搜索关键词： | 分子标记 微卫星引物 核苷酸序列 特异性引物 猪基因组 多态性 基因组 转座子 生物信息学分析 特异性引物组合 标记辅助选择 反转录转座子 分子标记引物 基因组样品 微卫星序列 结果比对 克隆测序 扩增条带 品系鉴定 引物组合 挖掘 再利用 清晰 测序 扩增 条带 引物 育种 筛选 验证 分析 | ||
【主权项】：
1.一种基于猪LINE1转座子与微卫星引物相结合的猪基因组分子标记挖掘方法，其特征在于，包括以下步骤：/n(1)利用猪LINE1转座子的5’端核苷酸序列或3’端核苷酸序列设计特异性引物；/n(2)利用生物信息学分析软件分析猪的基因组，筛选出分布广泛的微卫星序列设计微卫星引物；/n(3)将步骤(1)和步骤(2)中的引物结合，在不同品种猪中扩增检测；/n(4)筛选条带清晰、多态性高，重复性好的微卫星引物组合，扩增多态性条带，克隆测序；/n(5)将测序结果比对分析，设计旁侧特异性引物；/n(6)利用步骤(5)所得的旁侧特异性引物与步骤(1)的特异性引物组合，PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。/n
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