[发明专利]同时合并基因分型的方法

摘要

提供的是从合并样品确定子代植物基因型的方法。所述方法包括在两个或更多个子代植物中对标记等位基因进行基因分型，每个子代植物来源于具有已知的基因型的亲本的不同亲本杂交。所述方法利用计算机模拟反卷积实施隐马尔科夫建模，以从所述合并样品产生的遗传信号确定至少一个子代植物中的一个或多个标记基因座的每个可能基因型的概率。本发明方法提供在子代植物基因分型方面增加的效率。

主权项

1.一种用于两个或更多个子代植物的同时合并基因分型的方法，每个子代植物来源于不同亲本植物对的杂交，所述方法包括：(a)收集：(i)与一个或多个标记基因座有关的遗传图谱距离信息；(ii)第一亲本杂交的每个亲本植物的一个或多个标记基因座的等位基因的基因型信息，其中所述第一亲本杂交产生第一子代植物；(iii)第二亲本杂交的每个亲本植物的一个或多个标记基因座的等位基因的基因型信息，其中所述第二亲本杂交产生第二子代植物；和(iv)与由所述第一亲本杂交产生的所述第一子代和由所述第二亲本杂交产生的所述第二子代有关的谱系信息；其中，所述遗传图谱距离信息来自与所述亲本植物的植物物种相同的植物物种；(b)提供合并DNA样品，其包含：(i)合并基因组DNA样品，其包含从所述第一子代植物分离的第一基因组脱氧核糖核苷酸(DNA)样品和从所述第二子代植物分离的第二基因组DNA样品；(ii)从合并组织样品分离的基因组DNA样品，所述合并组织样品包含来自所述第一子代植物的第一组织样品和来自所述第二子代植物的第二组织样品；或者(iii)从所述第一子代植物与所述第二子代植物杂交产生的后代分离的基因组DNA样品；(c)在所述合并DNA样品中检测来自步骤(a)的每个标记基因座的至少一个等位基因；和(d)针对在步骤(c)中检测的至少一个标记基因座对所述合并DNA样品进行基因分型，其中所述基因分型步骤包括：(i)通过基于谱系信息和遗传图谱距离信息计算先前标记基因座处的遗传模式能够导致标记基因座上的遗传模式的概率，为步骤(c)中检测的每个标记基因座建立第一矩阵；(ii)通过基于在步骤(c)中的每个检测的等位基因和谱系信息计算能够通过由来自产生所述子代植物的亲本杂交中的每个亲本植物的遗传的每个排列产生观察到的合并基因组DNA样品的基因型的概率，为步骤(c)中检测的每个标记基因座建立第二矩阵；和(iii)确定至少一个子代植物中的在步骤(c)中检测的至少一个标记基因座的每个可能的基因型的概率。