[发明专利]一种基于压缩的快速分析致病基因算法

摘要

本发明涉及一种基于压缩的快速分析致病基因算法，其主要技术特点是将SNP基因型数据进行二进制的转换；将转换后的二进制序列进行压缩处理；确定样本个体之间相似度的评价标准；通过样本个体之间相似度的评价标准，得到样本个体之间的位点评分结果，确定一定阈值以得到候选IBD片段；选取病例组和对照组样本个体进行病例对照分析，比较病例组/病例组个体与对照组/对照组个体评价值之间的差异；鉴定SNP与疾病之间的关联。本发明设计合理，较大程度上缩短了实验分析的运行时间，提高了效率，而且可以较准确定位到致病基因上，可广泛用于一些常见疾病与基因之间关联分析的相关研究。

主权项

一种基于压缩的快速分析致病基因算法，其特征在于包括以下步骤：步骤1、数据预处理：将SNP基因型数据进行二进制的转换，转换为0和1组成的序列；步骤2、数据压缩：将转换后的二进制序列进行压缩处理；步骤3：确定样本个体之间相似度的评价标准；步骤4：获取候选IBD片段：通过样本个体之间相似度的评价标准，得到样本个体之间的位点评分结果，确定一定阈值以得到候选IBD片段；步骤5：进行病例对照分析：选取病例组和对照组样本个体进行病例对照分析，比较病例组/病例组个体与对照组/对照组个体评价值之间的差异；步骤6：定位致病位点：通过步骤5得到的差异来鉴定SNP与疾病之间的关联。