[发明专利]一种快速检测家牛Y染色体单倍型组构成的方法

摘要

本发明公开了一种快速检测家牛Y染色体单倍型组构成的方法，属于畜牧兽医技术领域。本发明公开的方法通过对家牛Y染色体ZFY‑10标记上1个C>T核苷酸转换和1个GT核苷酸插入/缺失位点的联合定型分析，可以快速、准确地检测家牛3种不同的单倍型组，即普通牛Y1、Y2和瘤牛Y3单倍型组，进而确定其父系支系组成和起源。相比先前研究中使用多个Y染色体标记上的多个Y‑SNPs的联合定型分析以及酶切分析，该方法只需通过ZFY‑10标记的PCR扩增和直接测序，依据其核苷酸变异就可准确可靠、快速简便、省时省力地确定家牛品种的Y染色体单倍型组成，进而用于其父系支系组成和起源预测，这将大大的提高家牛品种的父系支系组成检测效率，揭示群体遗传结构组成。

主权项

一种快速检测家牛Y染色体单倍型组构成的方法，其特征在于，包括以下步骤：1)样品采集和基因组DNA提取采集待检测牛的血样或耳组织，提取待检测牛的基因组DNA，备用；2)引物合成和PCR扩增以家牛Y染色体ZFY‑10标记引物序列合成1对引物，以步骤1)提取的基因组DNA为模板DNA，进行PCR扩增，得到PCR扩增产物，其中：上游引物序列如SEQ ID NO：1所示；下游引物序列如SEQ ID NO：2所示；3)测序、单倍型组定型分析将步骤2)获得的待检测牛的PCR扩增产物进行正、反向测序，测序引物为扩增引物，得到待检测牛的ZFY‑10标记测序序列结果，再进行序列比对分析，检测核苷酸变异位点，依据该标记的核苷酸变异位点确定待检测牛的单倍型组类型；在测定的序列比对中：若待检测牛所测序列中存在GT缺失，则直接判定该头牛属于普通牛Y1单倍型组，此时SNP位点为C核苷酸；若待检测牛所测序列中不存在GT缺失，则看SNP位点的C>T核苷酸类型，如果SNP位点为C核苷酸，则判定该头牛为普通牛Y2单倍型组，反之，如果SNP位点为T核苷酸，则判定为Y3瘤牛单倍型组。