[发明专利]一种鉴定柿属植物的方法

摘要

本发明公开了一种鉴定柿属植物的方法，涉及生物技术领域，包括如下步骤：1)以待测柿属植物的基因组DNA为模板，用由序列1和序列2所示的两条单链DNA分子组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR产物；2)将所述PCR产物测序，根据测序结果列出所述待测柿属植物的核苷酸分子式；3)将步骤2)所得的核苷酸分子式与对应的若干个柿属植物的核苷酸分子式进行比对，从而确定所述待测柿属植物。实验证明，该方法精确、操作简捷，可以提高相关产业的生产效率和质量监控水平，有效弥补以往方法的不足；另外，该方法同时实现了非花期(如苗期)的鉴定。本方法对于促进柿属植物的育种、城市园林绿化事业的发展以及环境保护具有重要意义。

主权项

1.一种鉴别柿属植物方法，其特征在于，包括如下步骤：（1）以待测柿属植物的基因组DNA为模板，用由序列表中序列1和序列2所示的两条单链DNA分子组成的引物对其进行PCR扩增，得到PCR产物；（2）将所述PCR产物测序后，所述PCR产物序列自5’端起的第53个核苷酸记为第1位，截掉所述PCR产物的核苷酸序列自5’末端起的前52个核苷酸以及含第749个以后的核苷酸，得到DUB序列；（3）将所述DUB序列与DNA序列库中的全部序列放在一起进行比对，得到DNA比对序列矩阵；所述DNA序列库为如下（a1）或（a2）：（a1）由序列表中序列3至序列6中的至少一种组成；（a2）由序列表中序列3至序列6中的至少一种，和序列7至序列14中的至少一种组成；（4）根据所述DNA比对序列矩阵列出所述待测柿属植物的核苷酸分子式；所述待测柿属植物的核苷酸分子式的通式为：B4B9B39B42B162B186B196B201B225B227B274B299B321B340 B344B628；在所述通式中，所述B4、所述B9、所述B39、所述B42、所述B162、所述B186、所述B196、所述B201、所述B225、所述B227、所述B274、所述B299、所述B321、所述B340、B344和B628，依次表示在DNA序列比对数据矩阵中的第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628个位点，对应DUB序列的第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628个核苷酸位点；在所述通式中，每一个B为A、T、C和G中的任一种或两种；（5）将步骤（4）所得所述待测柿属植物的核苷酸分子式与核苷酸分子式组I进行比对；所述核苷酸分子式组I由如下a1）‑a12）共12种核苷酸分子式组成：a1）C4T9A39C42A162C186G196T201G225C227C274G299T321A340C344T628；a2）C4C9G39C42A162C186A196T201G225C227C274G299C321A340C344T628；a3）C4C9G39C42A162C186A196T201G225C227C274G299Y321A340C344T628；a4）C4C9G39C42R162Y186G196T201G225C227C274G299C321A340C344T628；a5）T4T9G39C42A162C186G196T201G225C227C274A299C321A340C344T628；a6）C4T9G39C42A162C186G196T201C225T227C274G299C321A340C344T628；a7）C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C274G299C321A340T344T628；a8）C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C274G299C321A340Y344T628；a9）C4T9G39C42A162C186G196C201C225C227C274G299C321A340C344T628；a10）C4T9G39C42A162C186G196T201G225T227G274G299C321A340C344T628；a11）C4T9G39Y42A162C186G196T201G225T227G274G299C321A340C344T628；a12）C4Y9G39C42A162C186G196T201G225C227C274G299T321A340C344T628；在a1）‑a12）中，Y表示T和C；R表示A和G；（6）根据步骤（5）的比对结果，按照如下方法对所述待测柿属植物进行鉴定：若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a1）所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为台湾乌木；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a2）所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为乌柿x3号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a3）所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为乌柿5号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a4）所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为老鸦柿；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a5）所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为金枣柿；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a6）所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为浙江柿164号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a7）所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为浙江柿873号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a8）所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为君迁子4号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a9）所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为君迁子8号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a10）所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为美洲柿20‑80号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a11）所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为美洲柿20‑82号；若所述待测柿属植物的核苷酸分子式为a12）所示的核苷酸分子式，则所述待测柿属植物为或候选为油柿20‑75号。