[发明专利]区分复杂生物样品中的甲基化水平

摘要

本文提供一种用于区分来自第一细胞类型的DNA的异常甲基化水平的方法，其包括以下步骤：(a)提供测试数据集，其包括(i)来自至少一个测试生物体的测试基因组DNA的多个位点的甲基化状态，和(ii)用于检测所述甲基化状态的每个所述位点处的覆盖；(b)提供来自一个或多个参考个体生物体的参考基因组DNA中的所述多个位点的甲基化状态，(c)针对每个所述位点确定所述测试基因组DNA与所述参考基因组DNA之间的甲基化差异，从而提供每个位点的归一化甲基化差异；以及(d)通过每个所述位点处的所述覆盖对每个位点的所述归一化甲基化差异进行加权，从而确定合计的覆盖加权的归一化甲基化差异分数。本文还提供用于使用基因组DNA甲基化水平来从正常细胞区分癌细胞并且根据其起源组织分类不同癌症类型的灵敏方法。

主权项

1.一种用于区分含有来自多种不同细胞类型的DNA的样品的DNA的异常甲基化水平的方法，其包括：(a)提供包含来自个体测试生物体的多种不同细胞类型的基因组DNA的混合物的样品，从而提供测试基因组DNA；(b)检测所述测试基因组DNA中的多个CpG位点的甲基化状态；(c)确定用于检测所述甲基化状态的每个所述CpG位点处的覆盖；(d)提供来自至少一个参考个体的参考基因组DNA中的所述多个CpG位点的甲基化状态；(e)针对每个所述CpG位点确定所述测试基因组DNA与所述参考基因组DNA之间的甲基化差异，从而提供每个CpG位点的归一化甲基化差异；以及(f)通过每个所述CpG位点处的所述覆盖对每个CpG位点的所述归一化甲基化差异进行加权，从而确定合计的覆盖加权的归一化甲基化差异分数。