[发明专利]一种基于IonTorrent测序平台的靶向叶绿体测序方法

摘要

本发明公开一种基于Ion Torrent测序平台的靶向叶绿体测序方法，包括以下步骤以新鲜的叶片为材料，切片并染色，采用激光显微切割捕获叶绿体，并提取叶绿体DNA，进行PCR扩增及产物检测，并对其进行文库构建及质检，Ion Torrent上机测序及结果分析。本发明所述方法设计严谨、流程简单，检测结果精准可靠，完全去除基因组的污染问题，最大程度的降低了叶绿体序列的分析难度。

主权项

一种基于Ion Torrent测序平台的靶向叶绿体测序方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤a、制备样本切片并染色，涂片染色方法包括HE染色、健那绿染色；步骤b、激光显微切割捕获叶绿体，通过激光显微切割捕获的叶绿体组织的数量为1‑200个；步骤c、提取出DNA；步骤d、PCR扩增及产物检测；步骤e、对扩增好的产物进行文库构建及质检，所述文库构建包括DNA超声波打断；末端修复和纯化DNA；连接接头和纯化连接的DNA：文库扩增、纯化及质控；步骤f、采用Ion Torrent测序平台上机测序及分析结果，将制备好的文库在Life technologies公司的Ion Torrent高通量测序仪上进行测序，读长250bp，要求测序深度达到3000×，每个样本产生约90M的数据量；测序数据经过信息分析得到叶绿体全基因组序列资料，与叶绿体参考序列比对，即可获得样本叶绿体序列变异信息，包括点突变、缺失、插入等变异情况。