[发明专利]水稻抗细菌性条斑病主效基因BLS1位点的分子标记及其应用

摘要

本发明公布了水稻抗细菌性条斑病主效基因BLS1位点的分子标记及其应用。其筛选的具体步骤为：(1)定位分离群体的构建获得定位分离群体近等基因系F2；(2)采用CTAB法提取双亲和F2群体各单株水稻叶片基因组DNA进行SSR分子标记分析；(3)初步定位BLS1基因在RM19382和RM510之间的区域；(4)BLS1紧密连锁标记，通过几种标记引物的分子标记后检测分析将BLS1定位在RM19400和RM510之间21‑kb的物理范围内。分子标记在选育抗水稻抗细菌性条斑病水稻品种或筛选抗性基因资源中的应用。本发明中的分子标记可有效检测抗细条病普通野生稻DP3及其衍生品种(系)中是否含有该主效基因位点，提高抗细菌性条斑病水稻的选择效率，获得含有BLS1基因的抗细菌性条斑病水稻品种。

主权项

1.一种在苗期准确鉴定高抗细菌性条斑病水稻的方法，其特征在于，具体的步骤如下：第一步：确定水稻抗细菌性条斑病主效基因BLS1位点的分子标记的具体步骤为：（1）定位分离群体的构建：将抗细菌性条斑病普通野生稻DP3作为供体，感细菌性条斑病籼稻品种93‑11为受体，通过杂交、回交和多代自交构建近等基因系；通过抗性鉴定，从近等基因系中筛选出抗病单株，与93‑11杂交，获得F1杂交种，杂交种自交收获F2代种子，再种植获得定位分离群体近等基因系F2；（2）采用CTAB法提取双亲抗病亲本DP3、感病亲本93‑11和F2群体各单株水稻叶片基因组DNA进行SSR分子标记分析；（3）初步定位：在前期将抗水稻细菌性条斑病主效基因BLS1定位于水稻第6染色体SSR标记RM587和RM510之间4.0厘摩的范围，因此，选择分布于水稻12条染色体上，在亲本DP3和93‑11间对具有多态性的150个SSR标记进行SSR标记进行BSA分析，选择在抗、感池中表现出多态性的连续分布在同一区域的3个标记RM510、RM587 和RM584，再利用6个在亲本间表现出多态性的标记，对146个近等基因系F2分离群体单株进行分析，通过MapQTL 5.0软件绘制连锁遗传图谱，将BLS1基因初步定位在RM19382和RM510之间的区域；（4）BLS1紧密连锁标记：在初步定位的区域之间，新合成2个位于在初步定位的区域之间的多态性SSR标记引物RM19391和 RM19400，通过SSR分子标记检测检测364个极端抗性单株，对极端抗性单株进行分析，将BLS1定位范围缩小到RM19391 和 RM510之间的范围，再在 RM19391和 RM510之间再开发2个多态性标记引物RM19400和RM19402，检测由1021株极端抗性单株构成的大群体，检测重组单株的基因型和抗虫级别得到与抗细菌性条斑病主效基因BLS1共分离的分子标记；通过检测分析将BLS1定位在RM19400 和 RM510之间21‑kb的物理范围内；第二步：利用标记引物RM19402进行PCR扩增水稻目标材料的 DNA ，如果能扩增出 191bp大小的片段，说明该材料含有水稻抗细菌性条斑病主效基因位点 BLS1；所述标记引物RM19402，左端引物序列：ACCATTTGTCAGTGAACTACCC，右端引物序列：ATCAGAGCACCTAACACATAGC；所述标记引物RM19382，左端引物序列：CTGTTCTAGTGTTCTGGTATGGAACG，右端引物序列：GGGTAGTGAATGGAATGCTAAGACC；标记引物RM19391，左端引物序列：GCTTTGTGTTACAGGATGTGCTGTCC，右端引物序列：CAAAGCTTGGTACCTGCAAGACG；标记引物RM19400，左端引物序列：ACTCCCACTGCATTCAGACTGG，右端引物序列：TGATGTCACAAGCCACAACTAGC；标记引物RM510，左端引物序列：GTTTGACGCGATAAACCGACAGC，右端引物序列：ATGAGGACGACGAGCAGATTCC。