[发明专利]一种心肌病基因数据处理方法及装置有效
申请号: | 201410827322.3 | 申请日: | 2014-12-25 |
公开(公告)号: | CN104573404B | 公开(公告)日: | 2018-05-04 |
发明(设计)人: | 周丰丰;孙国权;麦国琴 | 申请(专利权)人: | 深圳先进技术研究院 |
主分类号: | G06F19/10 | 分类号: | G06F19/10 |
代理公司: | 广州三环专利商标代理有限公司44202 | 代理人: | 郝传鑫,熊永强 |
地址: | 518055 广东省深圳*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | 本发明实施例公开了一种心肌病基因数据处理方法及装置,其中所述心肌病基因数据处理方法包括获取样本基因表达谱;对样本基因表达谱进行分析,以获取对应的基因数据,各个基因数据包括若干基因的基因表达量;获取预先设定的筛选算法;通过筛选算法,在基因数据中筛选出共表达基因对数据;确定共表达基因对数据为心肌病生物标志物。采用本发明实施例,将共表达基因对数据确定为心肌病生物标志物,可以提高心肌病患者的识别精准度。 | ||
搜索关键词: | 一种 心肌 基因 数据处理 方法 装置 | ||
【主权项】:
一种心肌病基因数据处理方法,其特征在于,包括:获取样本基因表达谱,所述样本基因表达谱包括缺血性心肌病患者、特发性心肌病患者以及非心肌病患者的基因表达谱;对所述样本基因表达谱进行分析,以获取对应的基因数据,各个所述基因数据包括若干基因的基因表达量;获取预先设定的筛选算法;通过所述筛选算法,在包括非心肌病患者的基因表达谱的样本基因表达谱对应的基因数据中筛选出第一共表达基因对数据;通过所述筛选算法,在包括缺血性心肌病患者的基因表达谱的样本基因表达谱对应的基因数据中筛选出第二共表达基因对数据;通过所述筛选算法,在包括特发性心肌病患者的基因表达谱的样本基因表达谱对应的基因数据中筛选出第三共表达基因对数据;确定所述第二共表达基因对数据和第三共表达基因对数据为所述心肌病生物标志物;所述获取样本基因表达谱包括:通过平台GPL96,从高通量基因表达GEO数据库中获取数据集GSE5406;所述对所述样本基因表达谱进行分析,以获取对应的基因数据包括:对所述数据集中的样本基因表达谱,进行鲁棒的多芯片平均RMA标准化处理,以获取对应的基因数据。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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