[发明专利]确定探针集的方法、试剂盒及其用途

摘要

本发明公开一种确定探针集的方法，所述探针集包含多个探针，所述方法包括：获取DNA序列集，所述DNA序列集包含多条长度为K0的DNA序列，获取所述DNA序列集包括，从长度为L的参考序列的一端的第i个核苷酸开始，沿另一端方向拷贝所述参考序列的K0个连续核苷酸为一条DNA序列，i依次取{1，2，…，(L‑K0)，(L‑K0+1)}中的数值；筛选所述DNA序列集，以获得所述探针，其中包括，过滤掉与所述参考序列的匹配位置个数大于2的DNA序列；其中，200nt≥K0≥50nt。本发明还公开一种试剂盒、该试剂盒的用途以及一种确定物种丰度的方法。

主权项

1.一种确定探针集的方法，所述探针集包含多个探针，其特征在于，所述方法包括，获取DNA序列集，所述DNA序列集包含多条长度为K0的DNA序列，获取所述DNA序列集包括，从长度为L的参考序列的一端的第i个核苷酸开始，沿另一端方向拷贝所述参考序列的K0个连续核苷酸为一条DNA序列，i依次取{1，2，…，(L‑K0)，(L‑K0+1)}中的数值；筛选所述DNA序列集，以获得所述探针，其中包括，过滤掉与所述参考序列的匹配位置个数大于1的DNA序列；其中，L＞K0，200nt≥K0≥50nt；其中筛选所述DNA序列集还包括，计算过滤后的各条DNA序列的长度为K1的单元序列的频数，过滤掉频数超出预定范围的DNA序列，所述预定范围是依据参考序列的单元序列的频数的中位数来确定的，所述参考序列的单元序列的频数中位数通过以下确定，将所述参考序列拆分成多个长度为K1的单元序列，所述单元序列通过以下获得，从长度为L的参考序列的一端的第j个核苷酸开始，沿另一端方向拷贝所述参考序列的K1个连续核苷酸为一条单元序列，j依次取{1，2，…，(L‑K1)，(L‑K1+1)}中的数值，依据序列相同的单元序列分到相同的组，对所述单元序列进行分组，获得q个单元序列组，将单元序列组r包含的单元序列的个数表示为Ar，Ar为所述参考序列对单元序列组r中的单元序列的频数，取{A1，A2，…，Aq}中的中位数为所述参考序列的单元序列的频数中位数，其中，4*K1≤K0，r为单元序列组的编号，1≤r≤q，q≤L‑K1+1，Ar≥1。