[发明专利]一种判断胎儿基因型的方法

摘要

本发明涉及一种判断胎儿基因型的方法，包括以下具体步骤A.提取孕妇外周血DNA样本，进行外显子测序，得到原始数据；B.对原始数据进行质控，与参考序列比对，检测SNP，注释并统计；C.基于孕妇和胎儿的基因型的四种组合方式，用最大期望值算法计算得到四种组合方式的SNP位点的最小等位基因频率的混合高斯模型；D．计算得到混合高斯模型的三个临界值；E．通过比较各SNP位点的最小等位基因频率与三个临界值之间的大小关系判断胎儿基因型。本发明的判断胎儿基因型的方法仅凭孕妇的外周血可推测胎儿基因突变位点，精确且安全，不需要来自父亲的DNA，测序深度更深，更节省成本，经济实用。

主权项

一种判断胎儿基因型的方法，其特征在于，包括以下具体步骤：A. 提取孕妇外周血DNA样本，进行外显子测序，得到原始数据；B. 对原始数据进行质控，与参考序列比对，检测SNP，注释并统计；C. 基于孕妇和胎儿的基因型的四种组合方式，用最大期望值算法计算得到四种组合方式的SNP位点的最小等位基因频率的混合高斯模型；所述四种组合方式分别是孕妇和胎儿都是纯合子时的第一组合方式，胎儿是杂合子且孕妇是纯合子的第二组合方式，胎儿是纯合子且孕妇是杂合子的第三组合方式和孕妇，以及胎儿都是杂合子的第四组合方式；D．计算得到混合高斯模型的三个临界值；所述三个临界值从小到大分别是第一临界值、第二临界值和第三临界值；所述第一临界值是所述第一组合方式的混合高斯模型与第二组合方式的混合高斯模型的交点，所述第二临界值是所述第二组合方式的混合高斯模型与第三组合方式的混合高斯模型的交点，所述第三临界值是所述第三组合方式的混合高斯模型与第四组合方式的混合高斯模型的交点；E．通过比较各SNP位点的最小等位基因频率与三个临界值之间的大小关系判断胎儿基因型；当SNP位点的最小等位基因频率小于或等于第一临界值时，孕妇和胎儿都是纯合子；当SNP位点的最小等位基因频率小于或等于第二临界值且大于第一临界值时，胎儿是杂合子且孕妇是纯合子；当SNP位点的最小等位基因频率小于或等于第三临界值且大于第二临界值时，胎儿是纯合子且孕妇是杂合子；当SNP位点的最小等位基因频率大于第三临界值时，孕妇和胎儿都是杂合子。