[发明专利]一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法

摘要

一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1获取待预测DNA序列，长度为T，计算待预测DNA序列弯曲度信号Signal。步骤2建立核小体DNA模版信号P，P的长度为147bp，两端区域宽为50bp，高为0.07，中间区域宽为47bp，高为0.05，卷积P和Signal得到信号S_covn，从S_covn中部取出长为T-10的信号S_covn_keep。步骤3计算S_covn_keep的连续小波变换W(a,b)，母函数为墨西哥帽函数；尺度范围为[2,8]。计算|W(a,b)|的最大值M_W(b)。M_W(b)中的峰即为核小体的二分点位置。

主权项

1.一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1 获取待预测的DNA序列，长度为T，并利用计算待预测的DNA序列弯曲度信号Signal，其中，C的模代表弯曲度，=10.4 bp，是DNA双螺旋一个周期的碱基对平均数目，n₁和n₂代表加和范围的起始和终止位置，i为复数单位，ρ和τ是16种二联核苷酸在空间弯曲的幅度，ρ为在平面旋转的幅度，τ为扭曲的幅度，步骤2 建立核小体DNA模版信号P，所述的模板信号为一条147(bp)长的数字信号，该模板信号两端区域宽度为50bp，高度为0.07，中间区域的宽度为47bp，高度为0.05，卷积弯曲度信号和模板信号得到卷积信号Signal：给定模板信号P和弯曲度信号Signal，长度分别为147和T-10，二者的卷积为其中，S_covn为卷积的结果，长度为147+T-10-1，从卷积结果S_covn中部取出长度为T-10的信号，标记为S_covn_keep，长度为T-10，k是一个变量，，,步骤 3 检测卷积信号S_covn_keep的峰位置，具体过程为：步骤3.1 计算S_covn_keep的连续小波变换，小波母函数为墨西哥帽函数； 尺度范围为[2, 8]，记连续小波变换结果为W (a, b)，其中，a和b分别为尺度因子和平移因子，为小波函数，W(a, b)为连续小波变换的结果，其中，S_conv_keep(t) 为S_conv_keep第t个元素，W(a, b)为二维信号，表示尺度为a_i时，，当小波函数的平移量是b时，S_conv_keep在小波函数空间的投影，步骤3.2 在每个平移因子b处计算|W(a, b)|的最大值， M_W(b) =max (|W(a, b)|)其中，|W(a, b)|小波变换的绝对值，M_W(b)为在平移为b时，S_conv_keep在尺度范围[2, 8]上的小波函数上投影的最大值，，步骤3.3 M_W(b)中的峰即为核小体的二分点Dyad位置，这样便实现了核小体的预测。