[发明专利]一种检测核酸羟甲基化修饰的方法及其应用

摘要

本发明提供了一种检测核酸羟甲基化修饰的方法，具体地，包括步骤：对核酸进行糖基化修饰和MspI酶切，将酶切后的片段两端都连接生物素标记接头，进行NlaIII酶切；再通过链亲和霉素磁珠捕获，所有捕获到的一端连接生物素接头，另一端突出CATG四个碱基的序列均可表示出其临近的CCGG位点的修饰状态信息；通过在CATG粘性末端连接一个含有MmeI或Ecop15I酶切位点的接头并用相应的酶进行切割，则产生的短序列片段可表示出其临近CCGG位点的修饰信息；进行序列对比，即可获得甲基化修饰和羟甲基化修饰信息。本发明还提供了所述方法的应用。

主权项

一种检测核酸羟甲基化修饰的方法，其特征在于，包括步骤：(1)对所述核酸进行糖基化处理，获得羟甲基化碱基转化为糖基羟甲基化碱基的核酸；(2)对未作糖基化处理的对照组核酸和步骤(1)获得的糖基化核酸，分别进行第一限制性内切酶酶切反应，分别获得第一对照核酸片段和样本核酸片段；对所述对照组核酸或糖基化核酸进行第二限制性内切酶酶切反应，获得第二对照核酸片段；(3)对步骤(2)获得的第一对照核酸片段、样本核酸片段和第二对照核酸片段，分别连接生物素标记的接头，获得具有生物素接头的第一对照连接产物、样本连接产物和第二对照连接产物；(4)对步骤(3)获得的具有生物素接头的第一对照连接产物、样本连接产物和第二对照连接产物，分别进行NlaIII限制性内切酶酶切反应，产生第一对照NlaIII酶切产物、样本NlaIII酶切产物和第二对照NlaIII酶切产物，所述三种产物均为一端为生物素标记接头，另一端为粘性末端；(5)对步骤(4)获得的第一对照NlaIII酶切产物、样本NlaIII酶切产物和第二对照NlaIII酶切产物，分别进行第二接头连接，所述第二接头序列中具有特定限制性内切酶的识别位点；获得第一对照二次接头连接产物、样本二次接头连接产物和第二对照二次接头连接产物；(6)对步骤(5)获得的第一对照二次接头连接产物、样本二次接头连接产物和第二对照二次接头连接产物进行特定限制性内切酶酶切反应，获得一端具有第二接头，另一端具有粘性末端的第一对照最终酶切产物、样本最终酶切产物和第二对照最终酶切产物；(7)对步骤(6)获得的第一对照最终酶切产物、样本最终酶切产物和第二对照最终酶切产物，与测序接头连接，扩增测序接头连接产物，获得第一对照测序文库、样本测序文库和第二对照测序文库；(8)对步骤(7)获得的测序文库进行测序，分析比较序列信息，获得核酸羟甲基化修饰的信息。