本发明涉及一种水稻核酸酶基因OsGEN‑L的突变体及其应用,属于基因工程技术领域。在本发明所述的突变体中,核酸酶基因OsGEN‑L突变成osgen‑l,正常的OsGEN‑L基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,OsGEN‑L的突变基因osgen‑l的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。所述突变具体为OsGEN‑L基因的第1053个碱基之后的第1个A碱基缺失,造成翻译提前终止,该突变最终导致突变体的花粉不育,可用于制备隐性雄性核不育系,在水稻的遗传改良、品种选育和种子生产中有重要作用。