本发明提供一种用于快速鉴定辣椒实蝇的种特异性引物对、试剂盒及鉴定方法,种特异性引物对包括:上游引物FL680:TTTGGGCACCCAGAAGTCTA CATT;下游引物RL1057:TACAGACGAGTTAGCGAGAACA。利用辣椒实蝇的mt DNA COⅠ中设计种特异性引物对,通过SS‑PCR扩增,如果被鉴别生物体属于辣椒实蝇种,则能够扩增出一条长度为378bp的特异条带;反之,如果被鉴别生物体不属于辣椒实蝇种,则不能扩增出目的条带。具体具有以下优点:特异性强、检测结果更加简单、快捷,大大缩短了辣椒实蝇的鉴定周期。可以快速、准确、特异性地检测出辣椒实蝇的各个虫态甚至残体,具有检测范围大的优点。