本发明属于分子鉴定技术领域,本发明提供了山桐子的特异性性别鉴定DNA序列、引物对及其应用和鉴定方法。本发明提供的山桐子的特异性性别鉴定DNA序列,命名为M1和M2,所述M1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述M2的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明在对多个品种/品系进行充分筛选和验证的基础上,开发了两个山桐子子体特异标记,并针对M1和M2序列设计了特异引物对,能够准确鉴定出任何生长时期和品系的山桐子性别,可在移栽苗木之前有选择性的移栽雌株,准确率高,且简单易操作,不仅节约了时间、人力成本,也扩大了经济效益,还为山桐子的培育提供了可靠的技术和分子理论支持。