本发明提供一种糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位点的分子标记,其特异性检测玉米SNP位点PZE‑104141018和PZE‑104141424。较佳地,包括第一分子标记和第二分子标记,分别特异性检测玉米SNP位点PZE‑104141018和PZE‑104141424。更佳地,第一分子标记是第一CAPS分子标记,其包括SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的第一引物对,第二分子标记是第二CAPS分子标记,其包括SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示的第二引物对。还包括相关应用。本发明的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位点的分子标记可以检测糯玉米淀粉峰值黏度的高低,从而可以对糯玉米的淀粉峰值黏度的高低进行有效选择,还可以用于淀粉高峰值黏度糯玉米的分子标记辅助育种,加速糯玉米优良品质育种的进程,且设计巧妙,检测简便快捷,成本低,适于大规模推广应用。