本发明公开了一种基于伴侣肽的透皮增强型重组人源三型胶原蛋白,所述透皮增强型重组人源三型胶原蛋白是将伴侣肽通过Linker序列与重组人三型胶原蛋白连接而得到,其中,所述伴侣肽的序列如SEQ ID NO.1所示,且所述伴侣肽通过Linker序列连接在重组人源三型胶原蛋白的N端或C端。本发明还公开了所述的透皮增强型重组人源三型胶原蛋白的应用,编码所述的透皮增强型重组人源三型胶原蛋白的基因序列,以及表达所述的透皮增强型重组人源三型胶原蛋白的重组毕赤酵母工程菌。本发明所获得的融合蛋白可借助其包含的伴侣肽的输运作用促进胶原蛋白穿过皮肤屏障,提高胶原蛋白的皮肤利用度,为皮肤补充胶原蛋白。