本发明公开了一种鉴定水牛角的方法。本发明发现了水牛、黄牛及牦牛线粒体基因位点的差异，水牛线粒体基因中，所述线粒体基因的登录号为MT237632.1，其第5380位核苷酸为G、其第5378位核苷酸为T、其第5377位核苷酸为C、其第5374位核苷酸为G。根据差异位点设计了鉴定水牛角的特异性引物对核苷酸序列如SEQ ID NO.1~2所示。本发明所述的水牛角的鉴定方法，包括以下步骤：采集待测牛角样品，提取待测牛角样品中的DNA，利用特异性引物对进行PCR检测，能得到250bp特异性扩增片段的即为水牛角，反之则不是水牛角。本发明的特异性引物对在PCR检测中可以准确鉴别出水牛角，鉴定方法稳定，特异性强，且不受药材性状影响，可以对药材及切制后的饮片进行准确鉴别。
