本发明涉及基因工程技术领域,提供了一种鉴定大豆雄性不育系的引物及其方法,所述引物如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2所示,所述方法包括:以大豆基因组DNA为模板,利用所述引物进行PCR扩增和BstXI酶切后,若产物仅含一条472bp的条带,则为雄性不育系,若包含266bp和202bp,则为雄性可育系;本发明在发现大豆雄性不育性状受到一对隐形单基因控制的基础上,开发了一种鉴定大豆雄性不育系的共显性分子标记,并提供了鉴定大豆雄性不育系的引物及其方法,该引物和方法可以在大豆育种过程中的任何时期对大豆育性及其基因型进行高效准确的鉴定,为大豆雄性不育系的分子鉴定提供了新的途径。