本发明公开了一种高效生产广藿香醇的工程菌及其构建方法和应用,所述工程菌以解脂耶氏酵母菌为出发菌株,在解脂耶氏酵母菌的基因组中插入优化的广藿香醇合酶编码基因PS1和tHMGR编码基因后得到;所述优化的广藿香醇合酶编码基因PS1如SEQ ID NO.1所示;所述tHMGR编码基因如SEQ ID NO.2所示。本发明的工程菌能够高效合成广藿香醇,构建方法高效,操作简单,此外本发明提供的收集产物的方法采用边发酵边萃取的方法,及时的将生产的广藿香醇萃取至有机相中,缓解了胞内溶解广藿香醇的压力,有效提高广藿香醇的产量,为人工细胞合成广藿香醇奠定了基础。