本发明涉及基因工程技术领域,公开了一种棉花组成型强启动子PGhFDH‑Pro及其应用,强启动子PGhFDH‑Pro的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明还以棉花基因组DNA为模板,使用扩增引物进行PCR扩增,PCR产物片段经过TA克隆连接到T载体上,筛选阳性克隆,并测序正确后,得到PGhFDH‑Pro质粒,将棉花pGhFDH‑Pro的启动子构建到携带GUS基因植物表达载体pGWB433上的,先将测序正确的pGhFDH‑Pro的启动子序列连接到pDONORzeo中间载体上进行BP反应,测序正确后进行LR反应,然后将目的片段置换到植物表达载体pGWB433上,得到含有强启动子PGhFDH‑Pro的表达载体。本发明的强启动子PGhFDH‑Pro能够特异地驱动外源基因在棉花不同生长阶段不同器官中强烈表达,为植物基因工程的应用提供了一个良好的资源,为应用于植物性状改良的转基因研究奠定了基础。