本发明属于分子标记技术开发及应用领域，具体涉及基于秋石斛转录组序列开发的EST‑SSR标记及应用，微卫星标记编号为：Den2、Den7、Den12、Den17、Den18、Den19、Den24、Den27、Den38、Den46、Den47、Den51、Den57、Den60、Den63、Den72、Den75、Den82、Den94和Den95；其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.20所示。本发明主要利用秋石斛转录组数据进行SSR标记开发获得较高频率的SSR位点，确定了20对引物，这些引物具有扩增稳定、电泳条带清晰、多态性丰富等优点，可有效用于秋石斛乃至石斛属种质资源遗传多样性分析、高密度图谱的构建、品种纯度和真实性鉴定、分子标记辅助育种等研究领域。
