本发明提供了一种水稻抗穗发芽相关基因SD6的SNP分子标记引物,所述水稻抗穗发芽相关基因SD6的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述SNP分子标记位于SD6基因编码区第1857bp处的核苷酸单碱基突变T/C;所述SD6基因的SNP分子标记引物是由特异性引物和非特异性引物组成的引物组,核苷酸序列如SEQ ID NO.2‑5所示。本发明还提供了一种利用所述SNP分子标记引物进行水稻抗穗发芽基因SD6的基因型检测的方法,该方法可以快速、准确、低成本、高通量地检测水稻SD6基因的休眠基因型。本发明的水稻抗穗发芽相关基因SD6的SNP分子标记引物可用于鉴定抗穗发芽水稻植株,对抗穗发芽水稻育种、种质资源的筛选具有实际指导意义。