本发明属于分子指纹图谱技术领域,公开了一种榧树EST‑SSR引物及品种指纹图谱构建方法,序列为:SEQ ID NO:1‑SEQ ID NO:40。筛选所得的20个多态性EST‑SSR标记,对13个榧树品种的DNA进行PCR扩增;根据扩增结果,精确读取扩增片段长度,进行统计后,最少使用三对EST‑SSR引物组合将供试的13个榧树品种区分开。本发明基于‘细榧’和‘圆榧’种子转录组数据,对获得的SSR数据进行分析,筛选出扩增条带清晰,且多态性高的SSR引物,并利用其构建榧树特色品种的分子指纹图谱,同时为榧属种质资源评价、保存和利用提供了良好的基础。