本发明公开了一种与暗纹东方鲀生长性状相关的微卫星标记、引物、方法及应用，所述微卫星标记包括XH11、XH47、XH63、XH94和XH96中的一种或者几种，用于扩增与暗纹东方鲀生长性状相关的微卫星标记的引物，包括5对特异性微卫星引物，如SEQ ID NO:1‑10所示。本发明通过将微卫星引物与暗纹东方鲀多个生长性状进行关联分析，从而筛选出与生长性状有显著相关的5个微卫星标记(XH11、XH47、XH63、XH94和XH96)。利用本发明筛选的不同微卫星位点的优势和劣势基因型，可有效辅助暗纹东方鲀优良亲本的选育，加快育种效率，该方法结果准确、简单实用。
本发明公开了一种用于鉴别暗纹东方鲀、红鳍东方鲀及杂交东方鲀的特异性引物及其方法，所述特异性引物包括正向引物和反向引物，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1‑2所示。其鉴别方法首先采集待鉴别的河鲀样品，提取基因组DNA；然后以三种河鲀鱼基因组DNA为模板，用引物对其进行PCR扩增；最后对扩增产物进行电泳并根据条带差异进行鉴定。利用本发明的特异性引物鉴别暗纹东方鲀、红鳍东方鲀及杂交东方鲀的方法无需微卫星上机测序等复杂步骤，仅根据条带数量和位置即可快速准确的对三种鱼进行区分，具有稳定性好、实用性强、操作简单、准确率高等优点。
