本发明提供了一种假想蛋白基因及其引物探针组和用于检测二尖梅奇酵母的应用,属于二尖梅奇酵母定量检测技术领域。所述用于检测二尖梅奇酵母的基因片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,包含所述基因片段的假想蛋白基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,用于扩增所述基因片段的引物探针组如SEQ ID NO.3~5所示。本发明提供的用于检测二尖梅奇酵母的基因片段及其引物探针组,具有灵敏度高、特异性强、检测准确性高的优点,能够定量检测河蟹中携带的二尖梅奇酵母的数量,对于由二尖梅奇酵母引发疾病的防控具有重要意义。