本发明公开了陆地棉D12号染色体与耐盐关联的SNP分子标记及其应用,涉及植物分子生物学领域。该SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1‑12中任一项所示。本发明提供的与棉花植株耐盐关联的SNP分子标记,直接以DNA的形式表现,在棉花的各个组织和发育阶段均可检测,不受环境和季节限制,不存在表达与否等问题影响,不用分析片段的长度,适于快速、规模化、自动化筛查。该SNP分子标记可用于鉴别陆地棉耐盐性状,实现对陆地棉植株耐盐能力的早期预测,还可用于棉花耐盐相关遗传背景分析和筛选,以及植株耐盐位点分子标记辅助选择育种,具有广阔的应用前景。