本发明提供了一种甘蔗梢腐病效应因子Fs13311基因及其应用,涉及基因工程技术领域,Fs13311基因来自普通甘蔗梢腐病病原菌,所述基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;所述甘蔗梢腐病效应因子Fs13311基因编码的蛋白质的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示;所述甘蔗梢腐病效应因子Fs13311基因编码蛋白质中的具有分泌活性的信号肽;所述Fs13311基因、所述Fs13311基因编码的蛋白质、所述的信号肽在制备抗甘蔗梢腐病真菌肽药物中的应用;甘蔗梢腐病效应因子Fs13311可以诱发植物自身免疫应答,通过烟草叶片的瞬时表达,发现该效应因子可以诱导本氏烟草叶片细胞死亡。