本发明公开了一种美洲商陆蛋白PaNIP2及其编码基因和应用。本发明从美洲商陆(Phytolacca Americana L.)中鉴定得到了一种与其超富集稀土元素,特别是超富集重稀土元素能力相关的蛋白,命名为PaNIP2。通过在真菌或植物中过表达蛋白PaNIP2,可提高真菌或植物对稀土元素,尤其是对重稀土元素的富集能力,可将其用于培育生物量大且能富集稀土元素的转基因植物,进而可利用所得转基因植物修复被稀土元素污染的土壤。本发明不仅丰富了与植物富集稀土元素相关的分子资源,同时也有利于稀土污染土壤的修复和稀土元素的资源化回收。