本发明涉及一种烟曲霉batA基因,属于基因工程技术领域。所述烟曲霉batA基因的核苷酸序列如SEQ ID No:1所示,其编码的蛋白质序列如SEQ ID No:2所示。本发明公开的烟曲霉batA基因可作为治疗靶基因在制备或筛选曲霉病治疗药物中得到应用。batA缺失导致烟曲霉对醋酸卡泊芬净耐药,batA高表达导致烟曲霉对于醋酸卡泊芬净敏感,临床治疗中如果将batA基因表达量或活性上调后再用醋酸卡泊芬净治疗具有更高效杀菌的效果,同时避免能使batA基因表达量下调或缺失的处理以免产生耐药的风险,这为有效治疗临床深部烟曲霉感染以及控制耐药菌株,具有重要的临床应用价值。