本发明公开了水稻抽穗期QTL qHd1功能标记及其应用，属于水稻种质资源鉴定及分子生物学技术领域；水稻抽穗期QTL qHd1共显性功能标记包括如下引物：1F：SEQ ID NO.1；2F：SEQ ID NO.2；1R：SEQ ID NO.3；3F：SEQ ID NO.4；3R：SEQ ID NO.5。本发明利用5条引物在同一PCR反应体系中通过常规PCR和琼脂糖凝胶电泳，可准确鉴定出插入型、缺失型、晶4155S型和杂合型基因型，结合品种籼/粳类型亦可鉴定出ZS97型和粳稻型两种单倍型；整个检测过程的操作简单，对不同来源的种质资源的鉴定结果准确性高。
