本发明公开了一种用于芒果品种鉴定的MNP标记位点、引物组合物和试剂盒及其应用,所述MNP标记位点为在芒果基因组上筛选的在芒果种群内具有多个核苷酸多态性的基因组区域,包括芒果基因组GCA_011075055.1上MNP‑1~MNP‑654的标记位点。所述引物如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.1308所示。所述MNP标记位点数目多、多态性高、品种区分能力强,满足芒果品种真实性鉴定和实质性派生品种鉴定需求;所述引物互不干扰,鉴定准确度高、结果重现性强,满足DNA指纹数据库构建的要求;可应用于大规模芒果品种鉴定,在农作物产品的市场监管、知识产权保护、新品种培育等方面具有极大的应用价值。