本发明提供了结构基因在改变枸杞果色中的应用,涉及枸杞果色转变技术领域,所述结构基因包括F3′5′H、UFGT、ANS、DFR和CHS;所述F3′5′H的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述ANS的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示;所述UFGT的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;所述CHS的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示;所述DFR的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示。本发明实施例中,以黑果枸杞和白色变异枸杞为原材料进行对比,发现所述结构基因的表达和花青素的堆积速率显著正相关,最高的转录水平是在开花后25d和/或开花后35d时期,并且在黑果中高表达,白果中低表达。