本发明属于基因工程技术领域,尤其涉及莱茵衣藻分泌导肽和转基因莱茵衣藻及其构建方法与应用。所述莱茵衣藻分泌导肽的氨基酸序列选自如SEQ ID NO:1‑3所示中的至少一种。本发明提供的具有上述所述的氨基酸序列的分泌导肽用于表达目的蛋白如抗菌肽时,可引导莱茵衣藻细胞内表达的抗菌肽分泌到胞外,实现抗菌肽的高效分泌表达,表达量在40ng/mL以上,而且,分离得到的抗菌肽具有较高的生物活性,能够有效地抑制多种水产养殖致病菌如溶藻弧菌、哈维弧菌、副溶血弧菌的生长繁殖,抑菌率达到90%以上,可有效减少抗生素的使用,因此,由前述分泌导肽分泌表达得到的抗菌肽在养殖业尤其是水产养殖业中具有重要的发展潜力。