本发明公开了一种鉴定水稻耐铝和铝敏感品种的功能标记，所述功能标记为Art1引物，其中的核苷酸正向序列为5′→3′：如SEQ ID No.1所示，反向序列为5′→3′：如SEQ ID No.2所示。本发明还公开了一种利用上述功能标记鉴定水稻耐铝和铝敏感品种的方法及应用。本发明根据水稻相关耐铝基因ART1的序列，设计高效的功能标记，对已经报道的水稻耐铝和敏感品种进行检测，证明该功能标记能够有效和可靠地鉴定水稻耐铝和敏感品种。
本发明公开了一种用于水稻野败细胞质雄性不育基因WA352检测的功能标记，功能标记包括CMS‑1引物和CMS‑2引物；其中的核苷酸序列为5′→3′，所述CMS‑1引物的正向序列如SEQ ID No.1所示，其反向序列如SEQ ID No.2所示；所述CMS‑2引物的正向序列如SEQ ID No.3所示；其反向序列如SEQ ID No.4所示。本发明还公开了一种利用上述的功能标记检验样品是否含有WA352基因的方法，这些功能标记的开发将有助于将不育基因WA352导入不同的水稻遗传背景中，进而利用功能标记辅助选择技术快速高效地筛选到新的水稻野败细胞质雄性不育系。
本发明属于基因工程技术领域，涉及一组控制水稻抽穗期的DTH2基因及其单倍型和应用。该基因编码一个CCT/B-box锌指蛋白，属于CONSTANS-Like转录因子基因家族，显性等位基因序列如SEQ ID NO.1所示，只在长日照条件下促进开花。隐性等位基因的DNA序列如SEQ ID NO.3所示。通过转基因实验证明了该基因具有使水稻抽穗期提前的功能。通过对79份栽培稻和48份野生稻的测序，发现在DTH2编码区存在5个碱基差异，导致3个氨基酸变化，产生五种单倍型。并证明该基因在驯化中被选择，且起源于中国。
