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[发明专利]确定环境因素与菌群结构和功能相关性的方法及设备-CN201910334811.8有效
发明人：宁康;陈超云;何睿乔;成章昱;韩毛振;查毓国;杨朋硕;姚奇;周豪;钟朝芳 -专利权人：华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学
申请日： 2019-04-24 - 公布日： 2023-03-14 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明实施例提供了一种确定环境因素与菌群结构和功能相关性的方法及设备。其中，所述方法包括：采用第二代高通量测序，获取菌群样本中所有菌种的标记基因序列，对所述标记基因序列进行分析，得到所述菌种的可操作分类单元，并采用R语言对所述可操作分类单元进行可视化；根据所述菌种的可操作分类单元，对所述菌群样本进行差异性分析，得到所述菌群样本的菌群结构，结合半封闭环境特征参数，确定所述菌群结构和菌群功能，与环境因素的相关性。本发明实施例提供的确定环境因素与菌群结构和功能相关性的方法及设备，可以较为精确的确定环境因素与菌群结构和功能的相关性。
确定环境因素结构功能相关性方法设备

[发明专利]一种肠道病毒组的高通量检测方法及应用-CN201811130676.7有效
发明人：宁康;韩毛振;杨朋硕;钟朝芳 -专利权人：华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学
申请日： 2018-09-27 - 公布日： 2021-10-08 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种肠道病毒组的高通量检测方法，其中，所述方法以Kraken自带的病毒库(衍生于Refseq的病毒库)为基础，建立现有样本数据库的肠道病毒组分注释平台和肠道病毒组分分析平台，肠道组分分析平台分析肠道组分注释平台获得的数据，并以构建预测模型和肠道病毒数据集，再将高通量测序待测样本的肠道病毒组与预测模型比对，比对结果用于判断宿主的血压与设定阈值对比，对比后概率值最高的一组数据为待测样本的对比结果。本发明以人类肠道微生物群落里的病毒组作为研究对象，基于微生物组和生物信息学思路，提供一种利用肠道病毒组样本预测高血压的方法，具有周期短、无创取样、通用性高、附加值高等特点。
一种肠道病毒组通量检测方法应用

[发明专利]一种人类肠道病毒网络的构建与分析方法-CN202010319541.6在审
发明人：宁康;韩毛振;杨朋硕;钟朝芳 -专利权人：华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学
申请日： 2020-04-21 - 公布日： 2020-11-06 - 主分类号： G16H50/80 文献下载
摘要：一种人类肠道病毒网络的构建与分析方法，所述方法包括步骤；获取纵向序列上的人类肠道微生物组的全基因组测序数据；对所述全基因组测序数据进行剪切；对剪切后的所述全基因组测序数据进行过滤；对过滤后的所述全基因组测序数据进行拼接；鉴定物种；计算物种间相关性；构建人类肠道病毒网络；分析所述人类肠道病毒网络。本发明提供的一种人类肠道病毒网络的构建与分析方法具有如下优点：(1)高灵敏度和高选择性；(2)检测通量高；(3)可以利用生物信息学方法在理论上通过肠道病毒物种的动态变化监测、评估人类的健康状况。
一种人类肠道病毒网络构建分析方法

[发明专利]一种药用植物共生微生物鉴定方法及其应用-CN201911075058.1在审
发明人：宁康;白虹;高溪;陈超云;钟朝芳;程铭悦;谭重阳 -专利权人：华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学
申请日： 2019-11-06 - 公布日： 2020-01-31 - 主分类号： C12Q1/689 文献下载
摘要：本发明属于药用植物的生物信息学研究技术领域，特别涉及一种基于高通量测序，针对微生物16S rRNA基因的V3、V4区的生物信息学分析鉴定方法，包括如下步骤：采集样本，进行预处理操作；采用高通量测序的方法，获取样本中微生物16S rRNA基因的V3、V4区序列双链测序数据；借助FastQC软件筛选合格数据；借助Mothur软件对总链文件进行质控处理得到质控文件；借助Qiime软件对质控文件进行分析；借助R软件和LEfSe软件绘制可视化结果分析图表；对比结果，鉴别样本微生物。该方法通过可以快速鉴别样本微生物，从而可以进行中药材种植方式的鉴定和中药材具体作用机制的探究，进而为最大程度利用中药材的药效提供了可能，具有鉴别周期短、结果准确性高等特点。
微生物样本高通量测序质控中药材鉴别生物信息学分析药用植物研究技术领域结果准确性生物信息学预处理操作中药材种植测序数据对比结果合格数据结果分析快速鉴别软件筛选作用机制基因可视化双链采集绘制分析

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