本发明属于植物分子遗传学和作物分子育种技术领域,提供一种花生籽仁可溶性糖含量相关位点的分子标记方法及其应用,分子标记包括InDel标记PM16‑6和PM16‑8,其分别位于花生籽仁可溶性糖含量相关主效位点的两侧,标记PM16‑6的引物如SEQ ID NO:3/SEQ ID NO:4所示,标记PM16‑8的引物如SEQ ID NO:7/SEQ ID NO:8所示;利用所述两个标记实现对花生籽仁可溶性糖含量相关主效位点等位变异在杂交后代中的分子标记辅助选择,进而实现对花生籽仁可溶性糖含量的分子标记辅助育种,两个标记选择正确率均在98.87%以上,具有检测方便、快速,扩增稳定,准确率高等特点。