本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种调控高粱胚芽鞘中花青素合成的基因及其应用。一种调控高粱胚芽鞘中花青素合成的基因SbC1，所述基因SbC1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。一种等位变异基因sbc1‑a，所述等位变异基因sbc1‑a的核苷酸序列为基于所述基因sbc1的核苷酸序列进行等位变异得到，将所述基因sbc1核苷酸序列的第1个外显子上的第124位碱基由C突变为T，即为所述等位变异基因sbc1‑a的核苷酸序列。本发明根据基因的变异位点开发了能够快速、有效鉴定SbC1/sbc1‑a等位基因的分子标记，为培育有/无胚芽颜色的高粱种质资源提供了更加完善、准确的检测手段，也为利用标记辅助育种技术提高高粱新品种的育种效率提供理论依据。
本发明公开一种与玉米雄穗败育相关的分子标记，所述分子标记的序列可为核苷酸序列如SEQ ID No：1所示，本发明为玉米的雄穗(雄花)败育，雌花正常提供的一个辅助选择分子标记，可对于作为母本的玉米单株或种子进行选择，可在玉米的其种植过程中及育种，省去抽雄的人工投入，可大大降低种子生产成本；并且本发明的分子标记中突变均为SNP碱基突变，对其他基因的基因功能没有影响，因而对其他表型等都没有影响；因此，通过对携带有本发明的分子标记的玉米单株进行授粉保种，用于玉米制种，具有广阔的前景。
