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[发明专利]基于局部模板相似性的蛋白质-小分子复合物对接方法-CN202310888481.3在审
发明人：张文艺;谢腾宇;谭巧珠;钱润彤 -专利权人：西湖实验室（生命科学和生物医学浙江省实验室）
申请日： 2023-07-19 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明提供一种基于局部模板相似性的蛋白质‑小分子复合物对接方法，将目标蛋白质目标小分子输入SE(3)等变网络预测得到目标蛋白质的和目标小分子的结合三维坐标，对目标蛋白质和目标小分子进行柔性采样得到采样构象，在联合能量函数的指导下优化初始构象得到蛋白质‑小分子的结合构象，并自蛋白质‑小分子构象采样空间中提取复合物局部三维构象得到构象集；对构象集中的复合物局部三维构象进行聚类得到多个聚类中心，取聚类中心对应的复合物三维构象作为蛋白质‑小分子复合物对接结果，多角度挖掘蛋白质‑小分子复合物的结构信息，并以联合能量函数的形式运用已知复合物局部结构信息实现蛋白质和小分子的对接。
基于局部模板相似性蛋白质分子复合物对接方法

[发明专利]一种车辆轨迹的生成方法、系统、装置、介质及车辆-CN202211633984.8在审
发明人： 谢腾宇;崔迎辉 -专利权人：知行汽车科技（苏州）股份有限公司
申请日： 2022-12-19 - 公布日： 2023-04-11 - 主分类号： B60W60/00 文献下载
摘要：本申请公开了一种车辆轨迹的生成方法、系统、装置、介质及车辆，涉及自动驾驶领域。该方案中，根据车辆的车轮转角得到第一横摆角速度，以及获取车辆传感器输出的第二横摆角速度；根据第一横摆角速度及第二横摆角速度确定横摆角速度补偿量，并补偿至第一横摆角速度中，以得到补偿后的横摆角速度；根据补偿后的横摆角速度得到车辆轨迹。本申请中利用车轮转角得到对应的第一横摆角速度，再利用第一横摆角速度与第二横摆角速度得到横摆角速度补偿量，并将其补偿到第一横摆角速度上，得到的补偿后的第一横摆角速度比直接由车辆传感器输出的第二横摆角速度更加稳定、平滑，且无噪声和毛刺，还不失真，提高了对车辆进行控制的稳定性。
一种车辆轨迹生成方法系统装置介质

[发明专利]一种基于Loop信息采样的群体蛋白质构象空间优化方法-CN201810579315.4有效
发明人：李章维;孙科;谢腾宇;周晓根;张贵军 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-06-07 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种基于Loop信息采样的群体蛋白质构象空间优化方法，首先，在群体算法中使用了针对Loop区域的交叉，交叉概率的设置可以控制群体收敛的速度，避免早熟；其次，二级结构区域片段组装操作可以使构象形成较优的整体拓扑结构；然后，使用基于Loop区域的拉氏图重要性采样方法对目标蛋白构象的Loop区域进行局部结构增强；最后，在选择过程中结合二级结构相似度和能量函数两个指标对种群进行择优，淘汰二级结构相似度较小和能量较大的个体，避免能量函数不精确的问题。本发明采样能力较好、预测精度较高。
一种基于 loop 信息采样群体蛋白质构象空间优化方法

[发明专利]一种多域蛋白质Linker构建方法-CN201810438030.9有效
发明人：张贵军;周晓根;谢腾宇;胡俊;王柳静 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-05-09 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种多域蛋白质Linker构建方法，首先，根据未封闭的残基之间的Cα原子距离确定需要构建的Linker氨基酸序列长度；然后，通过随机游走的方式确定Linker中所有Cα原子的坐标，并通过原子冲突和封闭性检验判断所生成的Cα原子的有效性；其次，利用Pulchra方法生成其它原子，并利用蒙特卡罗算法对整个结构进行调整，同时根据二面角、原子冲突和键角等能量指导算法进行搜索；最后，根据蛋白质结构精修工具对最终结果进行精修，从而得到Linker的结构。本发明提供一种预测精度和效率均较高的多域蛋白质Linker构建方法。
一种蛋白质 linker 构建方法

[发明专利]一种基于蒙特卡洛遗传算法的高校排课方法-CN201810763134.7有效
发明人：张贵军;陈安;谢腾宇;孙科;宋焦朋;魏遥;周晓根 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-07-12 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G06Q10/06 文献下载
摘要：一种基于蒙特卡洛遗传算法的高校排课方法，首先对获取的班级、课程、老师、时间以及教室信息进行随机拼接形成一条时间条，然后，由多个满足约束条件的时间条来形成一个个体即课表，多个个体形成一个种群；选取当前种群最优适应度的个体，对该个体进行交叉变异，交叉过程中采用蒙特卡洛概率接收的方法；最后根据设定的迭代次数进行变换，以最后一代种群中的最优个体作为最终预测结果。本发明提供一种可以合理配置各种教学资源的高校排课方法。
一种基于蒙特卡洛遗传算法高校方法

[发明专利]一种基于区域性多策略的物流配送路径规划方法-CN201810285692.7有效
发明人：张贵军;赵雨滴;周晓根;王柳静;谢腾宇 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-04-03 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G06Q10/04 文献下载
摘要：一种基于区域性多策略的物流配送路径规划方法，首先，针对车辆配送路径优化问题，根据配送点和车辆对问题进行编码，将其转化为算法可以优化的变量；然后，针对配送路径优化模型，设计基于区域性多策略的差分进化算法，通过分区将相似的个体归为一类，从而在变异过程中，从不同类中选取个体来指导变异，同时，对每个个体采用两种不同的变异策略生成测试个体，并选择较优的测试个体进行更新，不仅能够提高算法搜索效率，而且还可以增加种群多样性，避免早熟收敛；最后，根据编码规则对优化所得到的最优解进行解码，从而得到最优配送路径方案。本发明提供一种搜索速度较快的，且结果可靠的基于区域性多策略的物流配送路径规划方法。
一种基于区域性策略物流配送路径规划方法

[发明专利]一种基于香农熵的多阶段蛋白质结构预测方法-CN201810238703.6有效
发明人：张贵军;谢腾宇;周晓根;王柳静;马来发 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-03-22 - 公布日： 2021-06-18 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：一种基于香农熵的多阶段蛋白质结构预测方法，首先利用Rosetta Abinitio协议对搜索空间进行搜索，通过对背景点的聚类找到潜在天然态区域；然后，在群体进化算法的框架下分阶段执行预测过程，分析每一代种群与潜在天然态区域的关系，通过分类来表明当前种群所处的进化状态；其次，计算种群前后两代的状态转移矩阵并用香农熵来衡量种群的状态转化情况；最后，根据香农熵值在某一阈值内的累计次数进行阶段切换，以最后一代种群作为最终预测结果。本发明提供一种基于香农熵的多阶段蛋白质结构预测方法，根据香农熵进行阶段的动态切换，使得算法的预测精度和鲁棒性显著提高。
一种基于香农阶段蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种基于构象多样性策略的蛋白质三维结构预测方法-CN201810238662.0有效
发明人：张贵军;刘俊;王柳静;谢腾宇;周晓根;马来发 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-03-22 - 公布日： 2021-06-18 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：一种基于构象多样性策略的蛋白质三维结构预测方法，在遗传算法的框架下，采用Rosetta标准协议；利用遗传算子对构象的loop区域进行操作，增强对loop区域的空间搜索；引入基于蛋白质二级结构信息的多样性指标，结合构象的能量值作为种群更新的选择标准，增强种群多样性的同时降低能量函数不精确带来的不利影响，从而预测出精度更高的近天然态构象。本发明提供一种预测精度较高的基于构象多样性策略的蛋白质三维结构预测方法。
一种基于构象多样性策略蛋白质三维结构预测方法

[发明专利]一种基于参数自学习的差分进化物流配送路径优化方法-CN201810438052.5有效
发明人：张贵军;赵雨滴;周晓根;马来发;谢腾宇 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-05-09 - 公布日： 2021-06-18 - 主分类号： G06Q10/04 文献下载
摘要：一种基于参数自学习的物流配送路径优化方法，首先，根据配送点和车辆对问题进行编码，将其转化为算法可以优化的变量；然后，设计基于参数自学习的差分进化算法，将递进式更新步长因子和交叉概率的策略与基于局部精英信息的变异获取优异测试个体策略相结合起来，不仅提高了算法的实际搜索效率和可靠性，而且有效避免了早熟收敛；最后，根据算法所设计的编码对实际车辆配送问题进行优化，并对最优解进行解码得到最优配送方案。本发明提供一种搜索速度较快，且结果可靠的基于参数自学习的物流配送路径优化方法。
一种基于参数自学习进化物流配送路径优化方法

[发明专利]一种系综构象选择策略自适应的蛋白质结构预测方法-CN201810994644.5有效
发明人：张贵军;马来发;谢腾宇;周晓根;王小奇;王柳静 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-08-29 - 公布日： 2021-06-18 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种系综构象选择策略自适应的蛋白质结构预测方法，首先预测查询序列的二级结构信息，残基间接触信息，构建片段库；其次建立基于二级结构信息的相似性评分函数和基于残基间接触评价函数，设计交叉、变异、选择策略，设计基于二级结构相似性和能量的选择策略，利用种群二级结构相似性收敛性，设计三个选择策略的自适应概率函数；最后根据种群二级结构相似性评分函数值、残基间接触评价函数值和能量值实现种群更新，利用系综构象选择策略自适应的蛋白质结构预测方法能够有效地提高算法采样能力，构象能够形成好的二级结构，预测得到低能量的构象。本发明提供一种预测精度较高的系综构象选择策略自适应蛋白质结构预测方法。
种系构象选择策略自适应蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种基于两阶段采样的蛋白质结构预测方法-CN201810985933.9有效
发明人：张贵军;王小奇;马来发;周晓根;谢腾宇;胡俊 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-08-28 - 公布日： 2021-06-18 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种基于两阶段采样的蛋白质结构预测方法，首先，对种群中的每个个体进行全局的9片段组装，使其形成稳定的三维结构；然后，根据相邻两代间的种群信息进行状态估计，完成全局探测与局部增强的动态切换；最后，对每个个体的loop区域进行局部增强，使其形成更加紧密的三维结构。本发明提出一种采样效率较高、预测精度较高、计算代价低的基于两阶段采样的蛋白质结构预测方法。
一种基于阶段采样蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种基于残基接触信息交叉策略的蛋白质结构预测方法-CN201810986057.1有效
发明人：张贵军;谢腾宇;王小奇;周晓根;郝小虎;胡俊 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-08-28 - 公布日： 2021-06-18 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种基于残基接触信息交叉策略的蛋白质结构预测方法，首先，利用Robetta和RaptorX‑Contact得到片段库和接触图；其次，利用接触图信息使得种群个体动态进入片段组装阶段和Loop区域微调阶段，并使用了特定测试个体和特定区域的交叉策略；最后，通过聚类得到最终预测结果。本发明可以利用接触图信息，动态进行种群进化，并利用特定区域的交叉策略，提高搜索效率，提高预测精度。
一种基于残基接触信息交叉策略蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种基于二面角熵值的蛋白质两阶段构象空间优化方法-CN201810297146.5有效
发明人：张贵军;刘俊;谢腾宇;周晓根;彭春祥;郝小虎 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-03-30 - 公布日： 2021-05-18 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种基于二面角熵值的蛋白质两阶段构象空间优化方法，首先，利用Rosetta协议的第一、二阶段对种群进行初始化；在探索阶段，迭代Rosetta协议的第三阶段进行大范围的构象搜索，并以每一代种群中二面角熵值的变化作为阶段切换的标准；增强阶段在Rosetta协议第四阶段的基础上对loop区域的残基的二面角进行随机局部扰动，并引入二面角能量结合Rosetta score3能量函数指导构象更新，增强对loop区域探索的同时减小能量函数不精确带来的不利影响。本发明提供一种预测精度较高的基于二面角熵值的蛋白质两阶段构象空间优化方法。
一种基于二面角蛋白质阶段构象空间优化方法

[发明专利]一种基于残基特征距离的蛋白质结构预测方法-CN201810986237.X有效
发明人：张贵军;王小奇;谢腾宇;马来发;周晓根;胡俊 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-08-28 - 公布日： 2021-05-18 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种基于残基特征距离的蛋白质结构预测方法。首先，计算出先验知识中目标蛋白的初始残基特征距离与目标构象的特征距离误差，并将这些距离误差作为采样范围的适应度；然后，根据轮盘机制选择出适应度较高的残基范围作为有效的采样区域；最后，Manhattan距离与能量函数作为打分函数来指导种群的更新，进而选出潜在的构象。本发明提出一种采样效率较高、预测精度较高、计算代价低的基于残基特征距离的蛋白质结构预测方法。
一种基于残基特征距离蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种基于排挤策略的多模态蛋白质结构预测方法-CN201810994504.8有效
发明人：张贵军;王柳静;刘俊;周晓根;谢腾宇;郝小虎 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-08-29 - 公布日： 2021-05-18 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种基于排挤策略的多模态蛋白质结构预测方法，包括以下步骤：1)给定输入序列信息以及蛋白质力场模型；2)初始化；3)变异、交叉操作；4)生成存档集合；5)计算聚类中心和聚类半径；6)排挤操作；7)聚类操作；8)判断是否满足终止条件，如果满足则终止，并输出所有的最优解。本发明提出一种基于排挤策略的多模态蛋白质结构预测方法，该方法在差分进化算法的框架下，采用排挤策略，在进化过程中自适应地形成多个模态，使之能够发现模型所有的局优解，并且在此过程中尽可能多地保存局优解，从而提高蛋白质结构预测方法的预测精度。本发明提供一种预测精度较高的基于排挤策略的多模态蛋白质结构预测方法。
一种基于排挤策略多模态蛋白质结构预测方法

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