本发明公开了一种基于COI基因片段的飘鱼和寡鳞飘鱼的分子鉴别方法。该方法包含:(1)分别提取飘鱼和寡鳞飘鱼基因组DNA;(2)PCR扩增飘鱼和寡鳞飘鱼的细胞色素氧化酶亚基I基因;(3)扩增产物纯化后,直接测序,飘鱼的COI基因扩增产物如SEQ ID NO.1所示,寡鳞飘鱼的COI基因扩增产物如SEQ ID NO.2所示;COI基因第4位点第6位点碱基分别是T和A为飘鱼,COI基因第4位点第6位点碱基分别是C和G为寡鳞飘鱼。该方法可以快速、简便、准确、有效地鉴别飘鱼和寡鳞飘鱼,结果稳定性好,重复率高,填补了目前国内分子生物学标准鉴别飘鱼和寡鳞飘鱼的空白,也有利于开展飘鱼和寡鳞飘遗传多样性研究和保护。